El Museo Arqueológico Regional nace en 1985, año en que se traspasan la competencias estatales en arqueología a las Comunidades Autónomas y las administraciones afectadas acuerdan convertir el antiguo convento de la Madre de Dios en el nuevo Museo Arqueológico Regional de la Comunidad de Madrid.

Los trabajos del edificio finalizan oficialmente el 25 de mayo de 1999 con su inauguración.

Actualmente, El museo Arqueológico Regional desarrolla distintas funciones a través de tres áreas:

Conservación e Investigación: este área es la responsable de la gestión de los ingresos de materiales que, mayoritariamente, proceden de las intervenciones arqueológicas y paleontológicas efectuadas en la Comunidad de Madrid. Además, se encarga de la custodia y depósito de los fondos del museo, vigilando que se den las condiciones más adecuadas para su integridad y conservación controlando las condiciones ambientales de las salas de exposición y los almacenes, la manipulación de los objetos etc.

Difusión:  programando y realizando actividades como exposiciones temporales, conferencias, talleres, visitas guiadas ,cursos, debates, etc., para fomentar el conocimiento de sus colecciones. Se ocupa también de estudiar las características y necesidades de los distintos públicos y de facilitar la accesibilidad de todos ellos al museo.

Administración: tramitar los expedientes económicos y administrativos que sustentan la actividad del Museo.